La ama de llaves era la jefa y administradora del personal y bienes de la casa grande, y residía permanentemente en esta cabaña. Es una construcción austera tradicional llamada chuclla, con paredes de adobe sin ventanas y techo de paja ichu tejido a mano, típica del Imperio Inca, el Virreinato y los inicios de la República. Durante su restauración se descubrieron en el subsuelo objetos de arcilla domésticos del siglo XVI pertenecientes a las culturas Chirivaya y Churajon.

Espacio exclusivo de recreo y clases para las damas de la familia Juárez Muñiz y Gómez de la Torre. Bellamente decorado con muebles ingleses de inicios del siglo XX y pinturas religiosas de la escuela cusqueña con representaciones de la Virgen María. Destaca especialmente un juego de porcelana japonesa Ko-kutani con litofanias, sobre una mesa inglesa de estilo regencia del siglo XIX.

Corazón de la Villa San Rafael, el patio principal articula y conecta todos los espacios de la casa grande. Su elemento central es una fuente de sillar arequipeño rodeada de flores y vegetación, fiel al estilo de las casonas coloniales del sur del Perú. El suelo empedrado con canto rodado, característico de la arquitectura rural arequipeña, enmarca un espacio abierto de gran amplitud y serenidad.

Las fachadas de intenso color terracota, típico de las haciendas de la región, contrastan con las columnas y molduras de sillar blanco que sostienen los corredores perimetrales bajo techos de ichu. Estos corredores comunicaban los distintos ambientes de la casa y servían como espacio de tránsito y descanso de la familia y el personal de la hacienda.

El conjunto refleja la arquitectura de las haciendas arequipeñas de los siglos XIX e inicios del XX, combinando la sobriedad de la construcción andina con elementos ornamentales de influencia europea, creando un ambiente de elegancia rústica que caracterizó la vida cotidiana de las familias terratenientes de Tiabaya.

Reconstruido según los parámetros del estilo Fernandino de inicios del siglo XIX, basado en un grabado de 1862 del viajero francés Paul Marcy publicado en la revista Le Tour du Monde. En el siglo XX fue transformado en dormitorio comunal para los padres seminaristas de la Arquidiócesis de Arequipa, quienes lo habitaron hasta 1960. La pintura mural fue recreada según acuarelas del Prevendado Antonio Pereira Pacheco i Ruiz.

Capilla de uso privado con un destacado techo de estilo mestizo andino, construido con troncos de eucalipto recubiertos de paja ichu tejida a mano. Durante el siglo XX fue usado por sacerdotes y seminaristas jesuitas, mercedarios y dominicos para celebrar la Santa Misa. Cuenta con una valiosa colección de obras pictóricas y escultóricas religiosas de las escuelas quiteña y cusqueña de los siglos XVII, XVIII y XIX, y mobiliario de estilo Alfoncino del reinado de Alfonso XIII.

Cuenta con un elegante juego de comedor art déco de la segunda década del siglo XX, usado únicamente en ocasiones especiales, y una mesa circular de estilo regencia del siglo XIX para el uso diario de la familia. Sobre las mesas se exhibe una vajilla de porcelana inglesa Enoch Woods, Wood & Sons de 1917. En los extremos del salón destacan los retratos del Capitán Miguel Pereira Pacheco i Ruiz y su esposa Doña María Petronila Rafaela de Zumarán i Salazar, obras del pintor arequipeño Christopher Herrera Trujillo.

Salón principal de la casa, dedicado a la memoria de tres miembros de la familia propietaria que participaron activamente en la Guerra del Pacífico (1879–1884): el Gran Mariscal Francisco Bolognesi Cervantes, el presidente Andrés Avelino Cáceres Dorregaray y el Coronel Prefecto de Arequipa Manuel Gómez de la Torre Pereira. Destaca el mobiliario europeo original del siglo XIX en estilo victoriano y Segundo Imperio Francés, y las paredes están adornadas con retratos de arequipeños ilustres de los siglos XIX y XX, pintados por el artista Víctor Martínez Málaga.